Han pasado cinco años desde la decisiva batalla de Endor y la Nueva República, heredera de la Alianza Rebelde, domina gran parte de la galaxia mientras que la Flota Imperial ha quedado reducida a una cuarta parte de lo qué fue antaño.
De las regiones desconocidas ha surgido el último Gran Almirante del Emperador para tomar el mando del resto de la Flota Imperial. Un chiss llamado Thrawn, que estudia el arte de sus enemigos para conocerlos y así poder adelantarse a sus posibles estrategias. De este modo es capaz de acabar con toda un grupo de ataque que persigue a su nave insignia, el Quimera, tras robar unos datos de la biblioteca de Obroa-Skai, unos datos que le serán de gran ayuda para poner en marcha su campaña para acabar con la rebelión.
Mientras tanto, el gobierno provisional de la Nueva República se ha instalado en el antiguo palacio del Emperador en Coruscant donde Luke Skywalker recibe la última visita de su antiguo mentor Ben Kenobi en forma de espíritu. El viejo maestro le insta a no bajar nunca la guardia ante la amenaza del Lado Oscuro y le recuerda que no es último de los Jedi, si no el primero de los nuevos. Leia, que también esta en el palacio, se ha casado con Han Solo y espera mellizos, caballeros Jedi en potencia.
Han Solo por su parte, vuelve a Tatooine, a la cantina de Mos Esiley donde conoció al viejo Ben y Luke. Acompañado por Wedge Antilles y el Teniente Page se reúne con Dravis, un antiguo contrabandista. Han busca la ayuda de transportistas independientes que puedan echar una mano a la Nueva Republica que anda corta de naves de transporte, y de pilotos expertos y durante la reunión Han descubre que quien ha tomado el relevo de Jabba el Hutt en el mundo de los contrabandista es Talon Karrde.
Thrawn, con los nuevos descubrimientos hechos en su asalto a Obroa-skai, se dirige al planeta Myrkr un solitario mundo situado en el Borde Interior a unos 150 años luz de Obroa-Skai. Se trata de un mundo boscoso donde el contrabandista Talon Karrde tiene su base principal de operaciones.
Talon es un humano, que al contrario que Jabba huye de la ostentación y es un buen líder justo y paciente que cuenta entre sus más cercanos colaborados con Mara Jade. Aunque nadie lo sabe la bellísima Mara fue una de las "manos del emperador" y no solo fue iniciada en los conocimientos de la Fuerza sino que hizo cumplir la voluntad del emperador en cualquier rincón de la galaxia. Jade vagó durante años hasta unirse a Karrde y odia a Luke Skywalker con todas sus fuerzas, ya que lo considera el culpable de que su vida se fuera al traste al morir Palpatine.
Thrawn hace su aparición en la orbita del planeta justo en el mismo instante en que Karrde cena con Mara Jade y le hace saber que esta pensando en darle un ascenso cuando dos lanzaderas descienden y Karrde se apresta a dispensarles ayuda. Los imperiales están buscando Ysalamiris unas criaturas arbóreas que repelen la Fuerza creando a su alrededor una burbuja dentro de la cual esta no puede actuar.
Tras obtener algunos Ysalamiri con la ayuda de la organización de Karrde, Thrawn se retira del planeta y se dirige hacía Wayland un planeta que no aparece en ningún mapa y donde Palpatine tenia unas instalaciones secreta bajo una montaña donde además de guardar números trofeos escondía prototipos de numerosos proyectos imperiales.
Thrawn y Gilad Pellaeon, el capitán de su navío insignia, encuentran lo que buscan pero también a un extraño personaje llamado Joruus C`baoth. Se trata de un jedi oscuro, clon de Jorus C´baoth, un maestro Jedi muerto antes de las guerras clon que está encargado de la custodia del lugar. En un primer momento C´baoth intenta acabar con los intrusos pero estos llevan a los Ysalamirir y los rayos lanzados por el Jedi Oscuro no surten efecto sobre los Imperiales. Thrawn negocia con C'baoth y tras prometerle que le entregará a Leia y a sus gemelos para que los moldee como le plazca, consigue que se una a ellos.
Con el acceso al monte Tantiss libre Thrawn accede al material escondido por Palpatine y entre las muchas cosas útiles que obtiene se encuentran poderosos escudos protectores con los que podrá ocultar las naves y su contenido.
Leia ha emprendido una misión diplomática con la pretende que diversos planetas se unan a la Nueva Republica y con esa intención llega a Bimmisaari a bordo del Halcón Milenario en compañía de Chewie, Luke y Han. Chewie se queda en la nave, Luke visita un viejo museo y el matrimonio Solo visita el mercado. Han ha sido desarmado por los nativos y se ve inerme cuando son acorralados y atacados por unos alienígenas de corta estatura, piel gris metálica y amenazadoras mandíbulas. Se trata de Noghris enviados por Thrawn que también han ido a por Luke pero este, gracias a la Fuerza, consigue burlarlos y corre en ayuda de Han y Leia que ya han conseguido comunicarse con Chewie. Todos salen ilesos y Han decide que la misión diplomática ha terminado y el grupo regresa a Coruscant.
Mientras tanto, el Gran Almirante Thrawn con la ayuda de C´baoth ataca varios planetas del sector Sluis y prepara un nuevo plan en el que otro grupo de noghris atacará a Leia mientras Joruus se encargara personalmente de Luke. Lo único que necesitan es atraerlos hasta ellos y para conseguirlo difunden el rumor de un viejo Jedi ha aparecido en escena.
Han y Leia viajan junto a Wedge Antilles y a tropas de escolta al planeta Bpfassh para evaluar los daños y asegurar a los nativos que la Nueva Republica no los abandonara a su suerte tras los ataques del resto imperial. Por su parte Luke vuelve a Dagobah a bordo de su Ala X acompañado de R2 y acude al lugar donde se enfrentó con la visión de Darth Vader y allí tiene un nuevo sueño. Ha vuelto al pozo de Carkoon pero en esta ocasión no consigue alcanzar el sable que le lanza R2 porque una bella pelirroja usa la Fuerza para arrebatárselo. Tras ese sueño R2 guía a su amo hasta un aparato metálico que Luke no consigue identificar. El pequeño astromec asegura que ha visto uno igual en posesión de Lando Calrissian y Luke decide ir en busca de este.
Mientras tanto en Bpfassh Han, Leia y Wedge son atacados por los noghris pero de nuevo aparece el Halcón para rescatarlos. Todos corren raudos hacia la nave pero en el último instante Han se da cuenta de que no es su nave sino un carguero del mismo modelo. Han usa el sable láser de Leia para sabotear la nave y consigue que una gran nube de gas blanco suba hacia el cielo y eso alerta al Escuadrón Pícaro que comanda Antilles y los Alas X acuden prestos a rescatarlos.
Han decide que lo mejor es esconder a Leia donde los imperiales no puedan encontrarla y parten en el Halcón en busca de Lando para que este les facilite un contacto que sea de fiar. Encuentran a Calrissian en un planeta llamado Nkllon que pese a ser muy rico en materiales está demasiado cerca del sol y eso les obliga a vivir en una ciudad nómada que se mueve constantemente para estar siempre en el lado oscuro del planeta.
Para llegar hasta el planeta deben viajar protegidos por naves escudo, que sirve de paraguas frente a los rayos del sol de Nkllon, y bajo una de ellas se protegen el Ala X de Luke y el Halcón justo en el mismo instante en el que aparece un Destructor Imperial. Un grupo de cazas TIE se dirige hacia Luke y Han pero Luke los aturde con la fuerza y Han acaba con ellos rápidamente. Durante el ataque C´baoth contacta con Luke, haciéndole saber que esta en algún lugar de al galaxia, y los imperiales roban 51 naves excavadoras (topos) y desaparecen tan rápido como han llegado.
Una vez con Lando, Luke le enseña lo que encontró en Dagobah y Calrissian le dice que es un controlador remoto que sirver para dirigir aparatos a distancia y le muestra uno similar con el que controla sus topos. Hablan de la Flota Katana, un contingente de 100 acorazados que se perdió cientos de años atrás y que al funcionar con sistemas remotos podría ser recuperada. También hablan sobre los rumores que dicen que ha aparecido un Jedi en Jomark y Luke decide a ir a su encuentro. Por su parte Leia, Chewie, Lando y Han trazan un plan. Han y Lando se iran en el Halcón junto a C3PO y este imitara la voz de Leia para hacer creer a los imperiales que ella está con ellos y mientras Chewie y Leia se dirigirán en la nave de Lando a esconderse en Kashyyyk, el planeta natal de los wookies.
En el camino hacia Jomark Luke cae en una emboscada imperial y logra escapar a duras penas quedándose varado en el espacio. Talon Karrde encuentra a Luke gracias a que Mara viaja con él y lo detecta usando la Fuerza y lo conducen cautivo hasta Myrkr donde gracias a los Ysalamiri el Jedi no puede usar su poder.
Han viaja con Lando en busca de sus contactos y tras realizar una breve parada en Abregado-Rae, encuentran a un viejo conocido que trabaja para Talon y los lleva hasta Myrk, para que negocien con su jefe.
Mientras Lando y Han cenan con Karrde, los imperiales llegan para tener una charla con este. Luke trata de escapar en una nave y Mara Jade lo persigue hasta que ambos se estrellan en el bosque. Thrawn encarga a Talon que busque naves de guerra para comprar y como no se fía de él deja un destacamento imperial para que lo vigile.
Mara quiere asesinar a Luke pero se ve obligada a colaborar con él para salir del bosque y mientras esto sucede Talon, Lando y Han preparan una emboscada a los imperiales y logran escapar. En su huída se encuetran a Luke y Mara y estos se unen al grupo de fugitivos. Luke, Han y Lando, que ha sido herido durante la refriega, se dirigen a Sluis Van pero Talon se queda en Myrkr preparando la evacuación de su organización.
Leia y Chewie no han conseguido engañar a Thrwan y cuando llegan a Kashyyyk un nuevo comando noghri los ataca. Chewie y sus amigos protegen a Leia y acaban con todos los atacantes menos con uno que queda inconsciente. Cuando el noghri despierta le cuenta a Leia que al olerle el cuello ha descubierto que es hija de Lord Vader, la persona que dio esperanza al pueblo, y se muestra receptivo a las palabras de esta que le dice que están siendo engañados por Thrawn. Leia deja que el agresor se marche y tras pedirle que se reúna con ella en la órbita de Endor un mes más tarde parte con Chewie hacia Coruscant.
Lando, Han y Luke, llegan Sluis Van donde gran cantidad de naves de combate han sido acondicionadas para llevar suministros hasta los sistemas atacados por el Gran Almirante Thrawn. Wedge Antilles y su escuadrón Pícaro están al cargo de la escolta y cuando el experimentado piloto nota algo raro en una nave manda unos cazas a echar un vistazo. Los sensores detectan que el carguero está vació, pero cuando van a realizar una segunda pasada, la nave explota y un montón de cazas TIE salen de su interior. Las naves estaban usando el escudo protector encontrado en Wayland y en unos pocos segundos los destructores imperiales hacen acto de presencia y se inicia la lucha.
El Halcón se une a los Picaros y empiezan a derribar cazas hasta que se dan cuenta que los imperiales están usando los topos robados a Lando para penetrar en las naves de combate acondicionadas para transportar mercancías. Dichas naves tienen pocos efectivos y pueden ser tomadas con facilidad pero los imperiales no saben que los topos pueden ser controlados a distancia y como Lando tiene el dispositivo consigue detenerlos. Los imperiales se retiran y Han vuelve a Coruscant c mientras Lando es atendido en Sluis Van de sus heridas y Luke tiene que esperar a que arreglen su nave, que esta dañada desde la emboscada imperial de Jomark.
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