"Los Jedi y los Sith son semejantes en casi todo, incluida la búsqueda de poder" (Canciller Palpatine)
 Las Guerras Clon duran ya tres años y se han extendido por toda la Galaxia con resultados devastadores. El General Grievous ha secuestrado al Canciller Palpatine ayudado por una gran flota separatista que mantiene sitiada la capital Coruscant. Anakin Skywalker y Obi-Wan Kenobi consiguen infiltrarse en la nave comandante de los separatistas pero el Conde Dooku les espera junto al secuestrado Canciller. Dooku derrota a Obi-Wan y lo deja inconsciente pero no puede imponerse a Anakin que, llevado por la ira y las ansias de venganza, decapita al conde y rescata a Palpatine.
Cuando regresan a Coruscant Anakin recibe una gran noticia: su mujer, Padmé, está embarazada sin embrago no todo es motivo de celebración; el General Grievous ha conseguido escapar y se ha reunido con otros miembros de su coalición en
Utapau.
Varios senadores, entre ellos Mon Mothma, Padmé y Bail Organa, crean una organización para obligar al Canciller a entregar sus nuevos poderes y retomar el rumbo democrático y Anakin es nombrado miembro del Consejo, sin el rango de maestro y con la misión de vigilar al Canciller. Yoda parte hacia el planeta Kashyyyk en ayuda de los wookiees y Obi-Wan es enviado a Utapau para detener a Grievous.
Palpatine desvela su verdadero rostro a Anakin y cuando el joven Jedi informa al maestro Windu este, junto a otros tres Jedi tratan de arrestar al Canciller. Palpatine acaba con todos los Jedi menos con Windu que consigue desarmarlo y está a punto de matarlo cuando Anakin se lo impide. El joven Skywalker ha tenido visiones premonitorias de la muerte de Amidala y cree que solo los secretos Sith pueden salvarla. Anakin mata a Windu y se convierte en Darth Vader.
 Los planes de Sidious van cobrando forma y decide que ha llegado el momento de actuar, los Jedi deben desaparecer. Vader se encarga de los Jedi del templo, mientras que los comandantes clon ejecutan la "orden 66" y matan a sus generales Jedi. El senador Organa descubre la traición de los clones y decide ponerse en contacto con los Jedi informando de lo ocurrido en el templo.
Palpatine se autoproclama Emperador y decreta el Primer Imperio Galáctico mientras Anakin aniquila a los líderes separatistas que se escondían en Mustafar. Yoda y Obi-Wan regresan al templo y tras mandar un mensaje a los Jedi que siguen vivos para que no regresen a Coruscant descubren que el canciller y Anakin son ahora maestro y aprendiz del Sith y tratan de acabar con ellos. Yoda se enfrenta al emperador en la cámara del Senado y Obi-Wan hace lo propio con Anakin sobre ríos de lava de Mustafar en dos feroces contiendas que terminan con resultados muy diferentes. Yoda es derrotado y escapa por los pelos con la ayuda de Bail Organa pero Obi-Wan vence a Anakin y lo abandona, desmembrado, para que sea consumido por el fuego y la lava.
Yoda y Kenobi se reúnen en el campo de asteroides de Polis Massa donde Padmé muere tras dar a luz a dos mellizos a los que llama Luke y Leia. Mientras esto sucede Anakin es rescatado y "reconstruido" por Sidious y se convierte en el Darth Vader que todos conocemos con su temible máscara, su negra armadura y su mecánica respiración.
Tras el alumbramiento Obi-Wan, Yoda y Bail Organa deciden separar a los niños y mantenerlos a salvo y en secreto. Obi-Wan lleva a Luke a Tatooine con sus "tíos" donde crecerá como una granjero más y Bail adopta a Leia para educarla como princesa de Alderaan. Los androides de Amidala, C-3PO y R2-D2, son entregados al capitán Antilles y Yoda decide retirarse al lejano planeta Dagobah en espera de una nueva esperanza que permita destruir a los Sith
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