La película comienza con el Main Title característico de toda película de Star Wars. Las letras del principio dan paso al comienzo de la película. Vemos el planeta Coruscant y como aparecen varios cazas Naboo escoltando a la nave Real. Aterrizan los cazas y vemos a dos pilotos uno de ellos se quita el casco, es el capitán Typho, y esperan a que aterrice la nave de la senadora Padmé. Cuando esta bajando la rampa se ve a la senadora Padmé descendiendo y entonces se produce una explosión que destruye la nave y la tira de espaldas al suelo y al resto. Entonces el piloto que no se había quitado el casco, se lo quita y descubre su rostro. Es Padmé que corre hacia la supuesta Senadora Padmé que no es ni más ni menos que su asistente Cordé. Cordé muere en brazos de su Senadora que llora su perdida.

La siguiente escena es en el Senado Galáctico. Palpatine hace su entrada dando la triste noticia del asesinato de la Senadora Padmé. Se proclaman voces entonces para hacer un ejercito de la República. En ese momento aparece Padmé y dice que hace un rato han intentado matarla, pero que ella esta bien. A pesar de todo ella se niega a hacer un ejercito porque piensa que eso solo conducirá a aumentar la espiral de violencia y les llevara a todos a la guerra.

Mas tarde se ve que esta reunido Palpatine con el consejo Jedi. Yoda explica que no puede ver quien esta detrás de todo pues el Lado Oscuro lo nubla todo pero que ve que esta en juego el destino mismo de los Jedi. Mace Windu le dice a Palpatine que los Jedi son negociadores, no son soldados y que no son suficientes para mantener el orden ni disputar en una Guerra..

Entonces llega Padmé a la reunión para protestar de que no quiere mas protección de la que tiene y Palpatine le dice que le va a asignar a Obi-Wan como protección. A Mace Windu, a pesar de que no se lo habían comentado le parece bien, así que en cuanto Obi-Wan vuelva de una misión lo pondrán al servicio de Padmé. Mas tarde se ve que el único contento de volver a ver a Obi-Wan y que se pregunta que habrá pasado con Anakin es Jar-Jar. Se produce el encuentro entre Anakin , Obi-Wan y Padmé la cual se sorprende de verle tan crecido.

El encuentro frío y formal parece dejar a Anakin decepcionado diciendo que ella parece haberle olvidado por completo. Obi-Wan le dice Anakin que se centre y que no piense tan negativo. El capitán Typho, al cargo de la seguridad de Padmé pone 20 guardias en el apartamento de Padmé. Los dos Jedi se quedan de guardia en la terraza. Además ponen sensores de movimiento que controlan todo el apartamento, menos la habitación de Padmé. Anakin le explica a Obi-Wan que ella no quería que la espiasen, pero que ha dejado a R2 de alerta y si pasa algo R2 dará la alarma.

Entonces llega un androide volando, hace un agujero en el cristal de la ventana de la habitación de Padmé y suelta 2 bichos (venenosos y mortales lógicamente). Cuando los bichos están ya al lado de Padmé, ambos Jedi detectan algo y entran en la habitación. Obi-Wan se encarga de acabar con ellos. Obi-Wan se tira por la ventana y se agarra al droide volador y Anakin se queda con Padmé. Después Anakin sale corriendo y se monta en un speeder amarillo y sale en persecución del androide y de su maestro. Después de una intrigante persecución nocturna de speeders, incluyendo una caída al vacío de Anakin hasta caer en la nave de Zam Wesell (que es la caza recompensas que ha querido matar a Padmé), forcejean y al final Zam se escapa corriendo y se mete en un club nocturno.

Anakin y Obi-Wan entran en el club y el Maestro advierte a su alumno que sea cauto. Obi-Wan se dirige a la barra a tomar algo. Cuando por detrás se le acerca Zam Wesell, pistola en mano. Obi-Wan se gira y la corta la mano de un sablazo. Anakin enciende su sable también. Después se llevan a Zam a la calle y cuando la están interrogando sobre quien la ha contratado para matar a Padmé, alguien desde lo alto (Jango Fett) la dispara un dardo y la mata.

Obi-Wan se pasa todo el día analizando el dardo pero ninguno de los droides que tienen para los análisis identifica el dardo. Por otro lado Anakin esta con Padmé. Esta se dirige a el como cuando tenia 9 años y le sigue llamando Anie. A el no le gusta esto y le dice que le llame "Anakin" que ya ha crecido y que no es ningún niño. Mas tarde le dice "no intentes crecer demasiado rápido. y deja de mirarme así, que veo perfectamente en lo que estas pensando". El responde con ironía "es que también tienes poderes Jedi" y entonces es la frase de "no me mires así, que me haces sentir incomoda".

Luego se decide que Padmé se esconda en Naboo custodiada de Anakin.. Obi-Wan le dice que el se queda para investigar pero que no se olvide que su prioridad es cuidar de Padmé y que no se muevan de Naboo en cuanto lleguen y que no haga nada sin consultarle a el o al consejo Jedi. Cuando llegan a Naboo (la escena de Sevilla) van a ver a la nueva reina de Naboo, Jamilla que esta reunida con Sio Bibble y después de comentar la situación deciden que pueden irse a una de las residencias oficiales que tienen cerca del lago que es un sitio muy tranquilo y nadie la encontrará allí. Anakin se queja de que el es el encargado de la seguridad y nadie le tiene en cuenta y Padmé le contesta que esta en su planeta y que ella misma sabe cuidarse en el.

Antes de irse de Theed, van a ver a los padres de Padmé. Cuando llegan a la casa salen a recibirlos las dos sobrinas pequeñas de Padmé (que saludan a su tía y se van corriendo a jugar con R2), mas tarde la hermana le dice a Anakin "Eres el primer novio que Padmé nos trae a casa". Padmé lo niega y explica es un Jedi que la han asignado de guardaespaldas. Luego en una conversación de mujeres ellas le dicen a Padmé en privado que si no se ha fijado en como la mira.

La siguiente escena es en una Lago de una Isla. Anakin y Padmé van de merienda al campo. Anakin hace levitar la fruta y cosas así para impresionarla.

Aunque después de pensárselo mucho llegan los dos a la conclusión de que lo suyo no puede ser. No pueden mantenerlo en secreto y a el le estropearía la carrera de Jedi así que en principio deciden que lo dejan.

Entonces Anakin tiene otra pesadilla (porque lleva ya bastante tiempo soñando con que su madre esta en peligro pero Obi-Wan siempre le decía que se le pasaría). Anakin al soñar con el sufrimiento de su madre decide que tiene que irse a Tatooine y Padmé dice que "donde vayas tu también voy yo, además así al tenerme al lado puedes seguir protegiéndome y no incumplirás la misión que te encomendaron." Así que se marchan los dos a Tatooine y van a ver a Watto que al principio no lo reconoce.

Watto le dice que su madre ya no está allí, que se la vendió a un granjero de humedad llamado Cliegg Lars y que al parecer se caso con ella. Se presentan Padmé y Anakin en la granja de los Lars y ven al C3P0 , que se alegra de verlos. Enseguida los invita a pasar dentro. Aparece Owen y le dice que "teníamos la esperanza de que algún día vendrías a buscar a tu madre, yo soy Owen (ahora soy tu hermanastro) y esta es mi novia Beru.

Al final conocen también a Crieg Lars que es el que se caso con Shim y le cuenta que hace unos días unos Tuskens se la llevaron, que han hecho batidas de rescate pero no han dado con ella, que se haga a la idea de que está muerta. Anakin dice que no, que él puede sentir su dolor, que está viva y se va a buscarla. Owen le dice que puede coger su moto y Anakin se va dejando a Padmé en la granja.

Anakin llega al poblado Tusken. Por la noche mata a los guardias del Poblado y consigue encontrar a su madre. Desata a su madre que le tenían allí ensangrentada y ella apenas abre los ojos, reconoce a su hijo le dice que "que guapo y que alto se ha puesto". Ella le dice que ahora ya puede morirse tranquila después de cumplir su deseo de no morir sin haber visto a su hijo, Shim muere en brazos de Anakin.

En la granja Padmé, Beru y Owen le ponen la carcasa a C3P0 (aunque esta sin pulir y en vez de dorada esta oxidada) Cuando acaban Beru les llama para que suban corriendo porque Anakin ha vuelto. En este punto pone que faltan las paginas 83 a la 88 (donde supongo que cuenta que ha encontrado a su madre y que murió en sus brazos)

En Coruscant Obi-Wan va al Ester Diner (el bar tipo American Graffiti) donde se reúne con Dexter y después de examinar el dardo le dice que eso es obra de los "clonadores" del planeta Kamino.

Obi-Wan va a la biblioteca Jedi a buscar donde esta el planeta porque no viene en ningún mapa. La bibliotecaria le dice "¿pero estas seguro que ese planeta existe? porque aquí tenemos los mejores mapas y no viene". Al final llega a la conclusión de que puede que esté dentro de un campo de asteroides que viene marcado en uno de los mapas pero va a ver a Yoda a pedirle consejo y este, junto con la ayuda de los Jóvenes Padawans a su cargo, resuelven que es posible que exista ese planeta en esa localización a pesar de no aparecer en los mapas. Así que se va para allá.

Al llegar, los del planeta Kamino le dicen que están haciendo un ejercito de Clones por encargo de un Jedi y creen que viene a supervisar los primeros clones. Le enseñan las instalaciones, le presentan a Jango Fett que es el que "ha donado" los genes para los clones... Obi-Wan le cuenta todo al consejo Jedi y a Palpatine. Después se produce la pelea con el caza recompensas Jango Fett bajo la lluvia... se le escapa y lo persigue hasta el planeta Geonosis.

Desde allí llama a Anakin y le dice que se algo gordo esta pasando, que avise a los Jedi y de la alarma, pero que no se olvide que su misión es proteger a la senadora.

Padmé le dice a Anakin que deberían ir a ayudarle. Anakin dice que no, que esto es demasiado peligroso. Al final cede y deciden ir a rescatar a Obi-Wan. Les acompañan R2 y C3P0. Cogen la Nave y se van a Geonosis. Cuando llegan, el conde Dooku (que era un Jedi que abandonó la orden Jedi después de la muerte de Qui Gon Jinn) los esta esperando y les dice que se unan a el en su causa o serán juzgados por Espionaje. Ellos no ceden y al final son condenados a morir en la Arena.

La tensión de la situación hace que Padmé declare su amor a Anakin diciéndole que ya no le importa expresarlo ya que van a morir. Anakin le promete que jamás se apartara de ella.

En la Arena son encadenados junto con Obi Wan. Cuando llegan junto a Obi Wan, le dicen que han venido a rescatarlo y el responde sarcástico mirando las cadenas "buen trabajo" ,aunque esta bastante tranquilo.

Total que sueltan tres Bestias nativas de Geonosis. Anakin y Obi-Wan se centran cada uno en uno a pesar de estar encadenados y Padmé se sube encima de la columna donde esta sujeta. Anakin, Obi-Wan y Padmé parecen estar controlando la situación. Nute Gunray pide que se la ejecute inmediatamente pero el Conde Dooku no lo acepta, convencido de que ella va a morir. Bueno, en ese momento presentan los Jedi, con Mace Windu en el palco y le dice a su antiguo amigo Dooku que se acabo todo pues han venido a restablecer el orden en el estadio.

Pero el Conde Dooku tenia previsto la llegada pues les contrarresta trayendo un ejercito muy superior de droides y superdroides. La Batalla se desata en la Arena. Los Jedi apenas pueden contener a los numerosos ejercito. En ese momento llega Yoda con el Ejercito de Clones de la República y se desata una batalla a gran escala.

Mace Windu se enfrenta a Jango Fett y después de un rato lo mata. Dooku se larga del palco hasta el hangar. Y Anakin, Padmé y Obi-Wan que iban en una nave subidos van a por el, pero dan a la nave y Padmé cae.

Anakin intenta volver a por Padmé pero Obi-Wan le convence de que se centre en coger a Dooku. Al ver Anakin que Padmé esta bien accede y se encaminan hacia donde se dirige Dooku.

Empieza la lucha entre Obi Wan, Anakin y Dooku. Anakin empieza a atacar a Dooku. Después toma el relevo Obi-Wan al Dooku que esta muy convencido de sus posibilidades. Anakin vuelve con mas furia contra Dooku. La lucha termina con Dooku cortándole la mano a Anakin a la altura del codo. En ese momento aparece Yoda. Este consigue retener a Dooku pero al final este huye.

Luego Obi-Wan dice "sin la ayuda de los clones no habríamos podido vencer". Yoda responde "¿victoria?, esto ha sido una derrota, y la guerra clon no ha hecho mas que comenzar".

Aparecen los Jedi del consejo, Palpatine y los senadores en un balcón contemplando el desembarco de cientos de naves con tropas hacia la guerra. Le preguntan a Obi-Wan"¿donde está Anakin?" y contesta "Esta en Naboo, ha ido a escoltar a Padmé hasta su casa".

Vemos a Padmé y Anakin en el lago de Naboo, rodeados de flores junto a un Hombre Sagrado que los está casando y ellos se besan.

FIN