Nació en 1950 en Fort Worth, Texas, aunque su familia se mudó muy pronto a Austin. Estudió oceanografía en el Pasadena City College pero no tardó en inscribirse en el plan de estudios de Diseño Industrial del Cal State Long Beach. Antes de terminar sus estudios respondió a una oferta de empleo en la que pedían constructores de maquetas para una película, era el año 1975 y la película era La guerra de las galaxias (ver imagen de Johnston trabajando en un AT-AT). Su trabajo no pasó desapercibido y eso le permitió pasar a ocuparse del dibujo de storyboards y a diseñar naves. Johnston no desaprovechó la oportunidad y absorbiendo como una esponja todo lo que le rodeaba pronto ascendió al puesto de director artístico en Industrial Light & Magic.
En 1984, acabó su trabajo en el departamento artístico de efectos visuales en la trilogía de La guerra de las galaxias. Aún teniendo a la vista nuevos e interesantes proyectos dentro de ILM, decidió dejar la compañía para viajar durante una temporada con el dinero que había ahorrado. George Lucas, que había visto el potencial de este artista le sugirió que asistiera a la escuela de cine de la Universidad del Sur de California (donde él mismo había estudiado). Lucas le proporcionó una carta de recomendación, subvencionó sus estudios y lo mantuvo bajo contrato como trabajador a tiempo parcial. Esta era una oferta muy generosa que no podía rechazar.
Empezó como director de la segunda unidad en Nuestros maravillosos aliados, y en 1989 debutó como director en la comedia Cariño, he encogido a los niños. Desde entonces, destacan sus películas Jumanji, Parque Jurásico III y Océanos de fuego.
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